Okulumuzla ilgili arşiv çalışmaları ve okulumuzda uzun yıllar görev yapan
idareci ve öğretmenlerin bilgileri ışığında okulumuzun ilk olarak 1988 yılında
Abdulkadir Paşa Mahallesi Acar Sokak no:9 adresi üzerinde 3 katlı ve 10 derslikli
hizmet binasında (A blok) Fatih Sultan Mehmet ilkokulu ismiyle faaliyete başladı.
Okulun tapusu il özel idare müdürlüğüne aittir. 1997 yılından itibaren ise Fatih Sultan
Mehmet ilköğretim Okulu olarak hizmet veren okul, çevresindeki mahallelerin aşırı
göç alması nedeniyle mevcut binanın ihtiyacı karşılamaması üzerine 2007 yılında 3
katlı 13 derslikli ikinci bir bina (B blok) yapılmıştır.
2012-2013 Eğitim-Öğretim yılında geçilen 4+4+4 eğitim sistemiyle birlikte 2007
yılında yapılan ikinci bina Fatih Sultan Mehmet İlkokulu olarak, 1988 yılında yapılan
birinci bina ise Fatih Sultan Mehmet Ortaokuluna dönüştürülmüştür.
Nusaybin ilçemizde 2016 yılında yaşanan terör ve hendek olaylarından sonra
okulumuz yıkılmıştır. 2016-2019 yılları arasında Eğitim ve Öğretime ilçemiz Zeynel
Abidin İmam Hatip Ortaokulu bünyesinde 10 şube ile devam etmiştir. 01/07/2020
Tarihi itibariyle okulumuz kendisine tahsis edilen yeni binasına taşınmıştır. 24
derslikli, konferans salonu, spor salonu, spor alanları, Laboratuvarları ile Eğitim ve
Öğretime binasında devam etmektedir.